Fakultas Dakwah dan Ushuluddin merupakan hasil penggabungan dua Fakultas yang ada di Institut Dirosat Islamiyah Al-Amien Prenduan Sumenep (IDIA) yaitu Fakultas Dakwah dan Fakultas Ushuluddin. Fakultas Dakwah merupakan Fakultas pertama yang dimiliki oleh Institut Dirosat Islamiyah Al-Amien Prenduan Sumenep (IDIA) yang berbasis tafaqquh fid-din dan berorientasi pada indzarul qaum. berawal dari keinginan Pimpinan Pondok Pesantren Al-Amien Prenduan pada tahun 1980 untuk mendirikan pesantren tinggi sebagai kelanjutan dari Tarbiyatul Mu’allimien Al-Islamiyah (TMI). Maka pada tahun 1983 didirikanlah Pesantren Tinggi Ilmu Kemasyarakatan (PTIK).
Kemudian berubah menjadi Pesantren Tinggi Al-Amien (PTA) yang diresmikan oleh Menteri Agama Republik Indonesia, H. Munawwir Syadzali, MA. pada 11 September 1983 / 04 Dzul Hijjah 1403. Pada tahun 1985 Perguruan Tinggi Al-Amien (PTA) berubah menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Dakwah Al-Amien (STIDA). Pada tahun 1989 STIDA terdaftar secara resmi pada Kementerian Agama RI, sesuai SK Menteri Agama RI nomor 48 Tahun 1989. STIDA melakukan wisuda perdana pada 29 Januari 1992/25 Rajab 1412, dengan 43 wisudawan. Secara resmi STIDA menjadi Program Studi Bimbingan Penyuluhan Islam (BPI) berdasarkan SK Dirjen Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Kementerian Agama RI nomor E/31/1997 pada tanggal 3 Maret 1997. Program studi kedua yang didirikan adalah program studi Komunikasi dan Penyiaran Islam berdasarkan SK Dirjen Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Kementerian Agama RI nomor Dj.II/144/2002 tanggal 21 Juni 2002.
Sedangkan lahirnya Fakultas Ushuluddin juga tidak bisa dilepaskan dari sejarah perkembangan kampus Institut Dirosat Islamiyah Al-Amien Prenduan Sumenep (IDIA) yang merupakan perguruan tinggi di lingkungan Pondok Pesantren Al-Amien Prenduan. Fakultas Ushuluddin lahir pada tahun akademik 2001-2002 dengan 2 program studi yaitu Program Studi Tafsir Hadis (TH) dan Program Studi Aqidah Filsafat (AF).
Pada pertengahan tahun 2023 dua Fakultas ini resmi digabungkan, tepatnya pada 23 Mei 2023 berdasarkan SK Rektor No.199/IDIA/I.2/V/2023, tentang Penggabungan Fakultas Dakwah dan Ushuluddin Institut Dirosat Islamiyah Al-Amien Prenduan Sumenep. Saat ini Fakultas Dakwah dan Ushuluddin mengelola empat Program Studi yaitu Bimbingan dan Penyuluhan Islam, Komunikasi dan Penyiaran Islam, Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir, dan Aqidah dan Filsafat Islam.
Pada tahun 2023, tepatnya pada 12 Desember 2023, berdasarkan SK Menteri Agama RI nomor 1125 tahun 2023, resmi berubah bentuk dari institut menjadi Universitas Al-Amien Prenduan atau yang dikenal dengan UNIA PRENDUAN.
Secara institusional UNIA Prenduan, berdasar akreditasi IDIA. terakreditasi oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) dengan No. 646/SK/BAN-PT/Ak-PPJ/PT/VII/2021, berlaku tanggal 15 Juli 2021 sampai dengan 15 Juli 2026, dan terkonversi menjadi Baik berdasar SK BAN-PT No. 899/SK/BAN-PT/Ak.KP/PT/IX/2022, tertanggal 20 September 2022.