Sejarah pendirian Fakultas Tarbiyah tidak bisa dilepaskan dari pendirian Institut Dirosat Islamiyah Al-Amien Prenduan Sumenep (IDIA) yang bercikal bakal dari keingian Pimpinan Pondok Pesantren Al-Amien Prenduan untuk mendirikan pesantren tinggi sebagai kelanjutan dari Tarbiyatul Mu’allimien Al-Islamiyah (TMI), pada tahun 1980. Tiga tahun setelah ide tersebut, tahun 1983, berdirilah Pesantren Tinggi Ilmu Kemasyarakatan (PTIK). PTIK pada 11 September 1983 / 04 Dzul Hijjah 1403 berubah menjadi Pesantren Tinggi Al-Amien (PTA) yang diresmikan oleh Menteri Agama Republik Indonesia, H. Munawwir Syadzali, MA. Tepat pada tahun 1985 PTA bermetamorfosa menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Dakwah Al-Amien (STIDA). Secara resmi terdaftar pada Kementerian Agama RI, sesuai SK Menteri Agama RI nomor 48 Tahun 1989.
Fakultas Tarbiyah resmi berdiri pada 3 Maret 1997 berdasarkan SK Direktur Jenderal Pembinaan Agama Islam No. E/31/97, tentang Alih Status Sekolah Tinggi Ilmu Dakwah (STIDA) menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Al-Amien. Pada awal berdirinya Fakultas Tarbiyah mengelola Program Studi Pendidikan Agama Islam. Kemudian pada 21 Juni 2002 Program Studi Pendidikan Bahasa Arab secara resmi dibuka sesuai SK Direktur Jenderal Pembinaan Agama Islam Nomor : Dj.II/144/2002.
Saat ini, tahun 2019, semua program studi yang dikelola Fakultas Tarbiyah sudah terakreditasi oleh BANT-PT. Program Studi Pendidikan Agama Islam terakreditasi B sesuai Surat Keputusan BAN-PT No. 1264/SK/BAN-PT/Akred/S/IV/2019, berlaku sejak sejak tanggal 30 April 2019 sampai dengan 30 April 2024. Sedangkan Program Studi Pendidikan bahasa Arab terakreditasi B sesuai Surat Keputusan BAN-PT No. 089/SK/BAN-PT/Akred/S/III/2018, berlaku sejak 14 Maret 2015 sampai dengan 14 Maret 2020.